Theo đó, đã có nhiều điều, khoản, mục được sửa đổi, bổ sung, thay thế tại Nghị định. Trong đó có những nội dung được bổ sung đáng chú ý như:

Bổ sung khoản 3 và khoản 4 Điều 2 như sau:

“3. Tổ chức bị xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực bảo vệ môi trường theo Nghị định này bao gồm: Doanh nghiệp tư nhân, Công ty cổ phần, công ty trách nhiệm hữu hạn, công ty hợp danh và các đơn vị phụ thuộc doanh nghiệp (chi nhánh, văn phòng đại diện) được thành lập theo quy định của Luật Doanh nghiệp; hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã được thành lập theo quy định của Luật Hợp tác xã; nhà đầu tư nước ngoài, tổ chức kinh tế có vốn đầu tư nước ngoài, văn phòng đại diện, chi nhánh của thương nhân nước ngoài tại Việt Nam, văn phòng đại diện của tổ chức xúc tiến thương mại nước ngoài tại Việt Nam được thành lập theo quy định của Luật Đầu tư; cơ quan nhà nước có hành vi vi phạm mà hành vi đó không thuộc nhiệm vụ quản lý nhà nước được giao; tổ chức chính trị - xã hội, tổ chức xã hội - nghề nghiệp; các đơn vị sự nghiệp công lập; các tổ chức khác theo quy định của pháp luật.

4. Người có thẩm quyền lập biên bản vi phạm hành chính; người có thẩm quyền xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực bảo vệ môi trường; các cơ quan, tổ chức khác có liên quan đến hoạt động bảo vệ môi trường.”

Khoản 14 và khoản 15 Điều 3 được bổ sung như sau:

“14. Đình chỉ hoạt động gây ô nhiễm môi trường của cơ sở được nêu trong Nghị định này là việc đình chỉ hoạt động của bộ phận, hạng mục trực tiếp gây ra tình trạng ô nhiễm môi trường hoặc xả thải vượt quy chuẩn kỹ thuật về môi trường đến mức có khả năng gây ra tình trạng ô nhiễm môi trường.

15. Chất thải rắn thông thường đặc thù được nêu trong Nghị định này bao gồm: chất thải rắn thông thường phát sinh từ hoạt động y tế; chất thải rắn từ hoạt động xây dựng; chất thải rắn từ hoạt động chăn nuôi; bao bì chứa hóa chất bảo vệ thực vật sau sử dụng đã được làm sạch các thành phần nguy hại; bùn nạo vét từ kênh mương và các công trình thủy lợi; bùn nạo vét từ biển, sông, hồ và các vùng nước khác.”

Bổ sung Điều 13a vào trước Điều 13 như sau:

"Điều 13a. Vi phạm quy định về thực hiện quan trắc, giám sát môi trường

1. Hành vi vi phạm quy định về thực hiện quan trắc, giám sát môi trường trong quá trình thi công, xây dựng dự án, phương án sản xuất, kinh doanh, dịch vụ bị xử phạt như sau: Phạt cảnh cáo đối với hành vi thực hiện không đúng, không đầy đủ chương trình quan trắc chất thải (về thông số, vị trí, tần suất giám sát) đối với các trường hợp thuộc thẩm quyền xác nhận kế hoạch bảo vệ môi trường của Ủy ban nhân dân cấp huyện;

Phạt tiền từ 500.000 đồng đến 1.000.000 đồng đối với hành vi không thực hiện giám sát chất thải hoặc không báo cáo công tác bảo vệ môi trường, hàng năm theo quy định đối với các trường hợp thuộc thẩm quyền xác nhận kế hoạch bảo vệ môi trường của Ủy ban nhân dân cấp huyện; thực hiện không đúng, không đầy đủ chương trình quan trắc chất thải (về thông số, vị trí, tần suất giám sát) đối với các trường hợp thuộc thẩm quyền xác nhận kế hoạch bảo vệ môi trường của Sở Tài nguyên và Môi trường hoặc Ban quản lý các khu công nghiệp, khu chế xuất, khu kinh tế;

Phạt tiền từ 10.000.000 đồng đến 15.000.000 đồng đối với hành vi không thực hiện giám sát chất thải hoặc không báo cáo công tác bảo vệ môi trường hàng năm theo quy định đối với các trường hợp thuộc thẩm quyền xác nhận kế hoạch bảo vệ môi trường của Sở Tài nguyên và Môi trường hoặc Ban quản lý các khu công nghiệp, khu chế xuất, khu kinh tế; thực hiện không đúng, không đầy đủ chương trình quan trắc chất thải (về thông số, vị trí, tần suất giám sát) đối với các trường hợp thuộc thẩm quyền phê duyệt báo cáo đánh giá tác động môi trường của Ủy ban nhân dân cấp tỉnh hoặc cơ quan được Ủy ban nhân dân cấp tỉnh ủy quyền;

Phạt tiền từ 15.000.000 đồng đến 20.000.000 đồng đối với hành vi không thực hiện quan trắc chất thải hoặc không báo cáo công tác bảo vệ môi trường hàng năm theo quy định đối với các trường hợp thuộc thẩm quyền phê duyệt báo cáo đánh giá tác động môi trường của Ủy ban nhân dân cấp tỉnh hoặc cơ quan được Ủy ban nhân dân cấp tỉnh ủy quyền; thực hiện không đúng, không đầy đủ chương trình quan trắc chất thải (về thông số, vị trị, tần suất giám sát) đối với các trường hợp thuộc thẩm quyền phê duyệt báo cáo đánh giá tác động môi trường của Bộ Tài nguyên và Môi trường, các bộ, cơ quan ngang bộ;

Phạt tiền từ 20.000.000 đồng đến 30.000.000 đồng đối với hành vi không thực hiện quan trắc chất thải hoặc không báo cáo công tác bảo vệ môi trường hàng năm theo quy định đối với các trường hợp thuộc thẩm quyền phê duyệt báo cáo đánh giá tác động môi trường của Bộ Tài nguyên và Môi trường, các bộ, cơ quan ngang bộ.

2. Hành vi vi phạm quy định về thực hiện quan trắc môi trường trong quá trình vận hành thử nghiệm dự án bị xử phạt như sau: Phạt tiền từ 10.000.000 đồng đến 15.000.000 đồng đối với hành vi thực hiện không đúng, không đầy đủ chương trình quan trắc chất thải (về thông số, vị trí, tần suất giám sát) để đánh giá hiệu quả xử lý đối với từng công đoạn và cả công trình xử lý chất thải theo quy định đối với các trường hợp thuộc thẩm quyền phê duyệt báo cáo đánh giá tác động môi trường của Ủy ban nhân dân cấp tỉnh hoặc cơ quan được Ủy ban nhân dân cấp tỉnh ủy quyền;

Phạt tiền từ 15.000.000 đồng đến 20.000.000 đồng đối với hành vi không thực hiện chương trình quan trắc chất thải để đánh giá hiệu quả xử lý đối với từng công đoạn và cả công trình xử lý chất thải theo quy định hoặc không báo cáo công tác bảo vệ môi trường hàng năm theo quy định đối với các trường hợp thuộc thẩm quyền phê duyệt báo cáo đánh giá tác động môi trường của Ủy ban nhân dân cấp tỉnh hoặc cơ quan được Ủy ban nhân dân cấp tỉnh ủy quyền; thực hiện không đúng, không đầy đủ chương trình quan trắc chất thải (về thông số, vị trí, tần suất giám sát) để đánh giá hiệu quả xử lý đối với từng công đoạn và cả công trình xử lý chất thải theo quy định đối với các trường hợp thuộc thẩm quyền phê duyệt báo cáo đánh giá tác động môi trường của Bộ Tài nguyên và Môi trường, các bộ, cơ quan ngang bộ;

Phạt tiền từ 20.000.000 đồng đến 25.000.000 đồng đối với hành vi không thực hiện chương trình quan trắc chất thải để đánh giá hiệu quả xử lý đối với từng công đoạn và cả công trình xử lý chất thải theo quy định hoặc không báo cáo công tác bảo vệ môi trường hàng năm theo quy định đối với các trường hợp thuộc thẩm quyền phê duyệt báo cáo đánh giá tác động môi trường của Bộ Tài nguyên và Môi trường, các bộ, cơ quan ngang bộ.

3. Hành vi vi phạm quy định về thực hiện quan trắc môi trường khi dự án đi vào vận hành bị xử phạt như sau: Phạt tiền từ 15.000.000 đồng đến 20.000.000 đồng đối với hành vi thực hiện không đúng, không đầy đủ chương trình quan trắc chất thải (về thông số, vị trí, tần suất giám sát) đối với trường hợp phải thực hiện và có quy mô, công suất tương đương với đối tượng phải đăng ký kế hoạch bảo vệ môi trường; thực hiện không đúng, không đầy đủ chương trình giám sát môi trường xung quanh hoặc giám sát các vấn đề môi trường khác đối với trường hợp phải thực hiện và có quy mô, công suất tương đương với đối tượng phải lập báo cáo đánh giá tác động môi trường;

Phạt tiền từ 20.000.000 đồng đến 25.000.000 đồng đối với hành vi không thực hiện quan trắc chất thải hoặc không báo cáo công tác bảo vệ môi trường hàng năm hoặc không xây dựng kế hoạch thực hiện quan trắc môi trường định kỳ gửi cơ quan nhà nước có thẩm quyền theo quy định đối với trường hợp phải thực hiện và có quy mô, công suất tương đương với đối tượng phải đăng ký kế hoạch bảo vệ môi trường; không thực hiện chương trình giám sát môi trường xung quanh hoặc giám sát các vấn đề môi trường khác đối với trường hợp phải thực hiện và có quy mô, công suất tương đương với đối tượng phải lập báo cáo đánh giá tác động môi trường;

Phạt tiền từ 25.000.000 đồng đến 30.000.000 đồng đối với hành vi thực hiện không đúng, không đầy đủ chương trình quan trắc chất thải (về thông số, vị trí, tần suất giám sát) đối với trường hợp phải thực hiện và có quy mô, công suất tương đương với đối tượng phải lặp báo cáo đánh giá tác động môi trường;

Phạt tiền từ 30.000.000 đồng đến 40.000.000 đồng đối với hành vi không thực hiện quan trắc chất thải hoặc không báo cáo công tác bảo vệ môi trường hàng năm hoặc không xây dựng kế hoạch thực hiện quan trắc môi trường định kỳ gửi cơ quan nhà nước có thẩm quyền theo quy định đối với trường hợp phải thực hiện và có quy mô, công suất tương đương với đối tượng phải lập báo cáo đánh giá tác động môi trường.

4. Phạt tiền từ 40.000.000 đồng đến 50.000.000 đồng đối với hành vi phối hợp với đơn vị không có Giấy chứng nhận đủ điều kiện hoạt động dịch vụ quan trắc môi trường (theo lĩnh vực và phạm vi được cấp giấy chứng nhận) để thực hiện quan trắc, giám sát môi trường, trừ các trường hợp đơn vị sự nghiệp công lập được Ủy ban nhân dân cấp tỉnh thành lập hoặc Bộ Quốc phòng, Bộ Công an thành lập và giao thực hiện nhiệm vụ quan trắc, giám sát môi trường trên địa bàn tỉnh hoặc trong lĩnh vực quốc phòng, an ninh.”

Bổ sung điểm a1 trước điểm a khoản 6 Điều 20 như sau:

“a1) Phạt tiền từ 3.000.000 đồng đến 5.000.000 đồng đối với hành vi không có biên bản bàn giao rác thải sinh hoạt, chất thải rắn công nghiệp thông thường theo quy định;”

Bổ sung, khoản 9a vào trước khoản 9 Điều 20 như sau:

“9a. Đối với hành vi thu gom, vận chuyển, xử lý bùn thải từ bể tự hoại, bùn thải từ hệ thống thoát nước đô thị không đúng quy định về bảo vệ môi trường được áp dụng hình thức xử lý theo quy định của pháp luật về xử phạt vi phạm hành chính trong hoạt động đầu tư xây dựng.”

Bổ sung khoản 10a vào trước khoản 10 Điều 22 như sau:

“10a. Đối với các hành vi đốt chất thải nguy hại, chất hữu cơ khó phân hủy cần phải loại trừ theo quy định tại Phụ lục A Công ước Stockholm về các chất ô nhiễm hữu cơ khó phân hủy trái quy định về bảo vệ môi trường, trừ trường hợp hành vi tội phạm về môi trường thì bị xử lý như hành vi chôn lấp, đổ, thải chất thải nguy hại, chất hữu cơ khó phân hủy được quy định tại khoản 8 và khoản 9 Điều 22.”...

Nghị định số 55/2021/NĐ-CP có hiệu lực từ ngày 10/7/2021.